Quedó en segundo lugar en la votación del Balón de Oro, lo que terminó su ventaja de cuatro años seguidos sobre Cristiano Ronaldo. El 13 de marzo de 2014, el Barcelona le ganó 4-3 al Real Madrid con un hat-trick de Messi, camiseta del barça que sumó así 21 goles y superó a Di Stéfano (18) como goleador histórico de El Clásico. 2-1 el 16 de abril en la final de la Copa del Rey por el Real Madrid y, el 17 de mayo, perdió la Liga al empatar 1-1 en el último partido ante el Atlético de Madrid.