El buen nivel demostrado continuó en la fase semifinal de grupos, donde compartió el suyo con Nacional y la Universidad Católica de Chile, alcanzó nuevamente la final de la Copa Libertadores ganándole a Nacional en su última fecha. En el plano deportivo se recompuso el equipo tras la crisis de la guerra y se acabaron conquistando tres ligas españolas, una Copa de España y dos Copas Eva Duarte. Fue reemplazado por un entrenador nuevo, Branko Zebec, quien asume el control y reemplaza el estilo ofensivo del Bayern por un estilo más disciplinado, y al hacer eso logró el primer doblete en su historia, usando solo a 13 jugadores a lo largo de la temporada.
