El club culmina una temporada 2011/12 con buenos resultados deportivos: es de nuevo 3º en la Liga, semifinalista en Copa del Rey ante el Barcelona (tras haber superado a Cádiz, Sevilla y Levante) y en la Europa League ante el Atlético de Madrid, tras haber sido eliminado previamente de la fase de grupos de la Liga de Campeones siendo superado por el Bayer Leverkusen. El caso de Isco indignó especialmente a la afición valencianista por tratarse de un futbolista de gran proyección, formado en la cantera del Valencia, y por no haber sido valorado ni por la directiva, ni por la dirección deportiva, ni por el entrenador, a pesar de los informes favorables de distintos entrenadores de la escuela sobre el jugador.
