A mediados de 1961, cuando todo hacia suponer que se enrolaría al Barcelona, el Real Zaragoza, que siempre estuvo al acecho de las actuaciones del peruano, puso 8 millones de pesetas sobre la mesa y se hizo de sus servicios ,fichó por tres años con el Real Zaragoza. El debut oficial de Juan Seminario en la Liga se produjo el domingo 3 de septiembre de 1961. En el Estadio de La Romareda, el Real Zaragoza recibía al Valencia en un choque correspondiente a la primera jornada de la Liga.
