El nuevo milenio comenzó regular para el club, en el Torneo Apertura del año 2000 consiguió un segundo puesto y con ello logró volver a participar en la Copa Libertadores después de 11 años. El torneo 2002 tampoco fue de lo mejor siendo el rendimiento del equipo incluso más bajo que en el año anterior, camiseta del barcelona pues en el Torneo Apertura terminaría octavo y en el Torneo Clausura terminaría sexto.
